2002 yılında 4721 sayılı Türk Medenî Kanunu'nun yürürlüğe girmesi nedeniyle 1587 sayılı Nüfus Kanunu'nda değişiklik yapma zorunluluğu ortaya çıkmıştır. 29/04/2006 tarihinde yürürlüğe giren 5490 sayılı Nüfus Hizmetleri Kanunu, 1587 sayılı Nüfus Kanunu'nu yürürlükten kaldırmıştır. Ayrıca 28 Temmuz 2006 tarihinde alınan bir kararla “Elektronik Vatandaşlık Kartı” uygulamasına geçilmiş ve bu önemli proje ile tüm kimlik doğrulama fonksiyonlarının tek bir elektronik kartta toplanması öngörülmüştür.
29 Ekim 2016 tarihli ve 29872 sayılı Resmi Gazete ’de yayımlanarak yürürlüğe giren, 03/10/2016 tarihli ve 676 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile 3152 sayılı Kanunun 10'uncu maddesine bir bent eklenmiştir. Bu bent ile "Pasaport, pasaport yerine geçen belgeler ve sürücü belgelerinde yer alacak bilgiler ile biyometrik verinin türü, niteliği ve alınma yaşını tespit etmek, bu belgelerin tasarımı, temini, basımı, dağıtımı, teslimi ile üretim ve kişiselleştirilmesine ilişkin işlemleri yürütmek ve bunlara dair usul ve esasları belirlemek" görevi Nüfus ve Vatandaşlık İşleri Genel Müdürlüğüne verilmiştir.
Ayrıca 28/7/2016 tarihli ve 6735 sayılı Kanunla 5901 sayılı Türk Vatandaşlığı Kanunu'nun 12'nci maddesinde yapılan düzenleme ile Bakanlar Kurulunca belirlenen kapsam ve tutarda yatırım yapmak suretiyle ikamet izni alanlar ile Turkuaz Kart sahibi yabancıların istisnai olarak Türk vatandaşlığını kazanabilmelerine imkân sağlanmıştır.
10/07/2018 tarihli ve 30474 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanarak yürürlüğe giren 1 No’lu Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Nüfus ve Vatandaşlık İşleri Genel Müdürlüğünün görevleri yeniden düzenlenerek en son şeklini almıştır.